なるほど、Pythonのパッケージングに関して、公式情報に相当する情報があるのですね。勉強になります。

それから、言及されているチュートリアルとサンプルプロジェクトのどちらも設定を書くのが`setup.py`ではなく`pyproject.toml`なのですね。
自分でも少し調べてみたのですが、[python.orgにあるガイド](https://packaging.python.org/ja/latest/flow/#the-configuration-file)には、「（パッケージングの設定には）`pyproject.toml`ファイルを使うのが標準的な慣習です。」と書いてあり、[Zennの記事](https://zenn.dev/sankantsu/articles/1cddd3c08582a1)でも「現在でも歴史的経緯から setup.py のみで設定を行っているプロジェクトは多く存在しますが、このような構成は現在では非推奨」、「`setup.py`を設定ファイルの一部として用いる場合であっても`pyproject.toml`は配置するのが現在の標準的なセットアップ方法」と書いてある記事を見つけました。

どうやら、Pythonパッケージには`pyproject.toml`を用意すべし、`pyproject.toml`を起点にしてPythonパッケージをビルドすべし、というのが公式見解のようですね。コマンドラインから`setup.py`を直接実行するやり方はlegacy、つまり、廃止予定とのことですし。