役立つ情報ありがとうございます。

リンク先のGitHubのディスカッションを覗いてみたのですが、「poor naming」という表現があり、--safe-methodsというオプション名が紛らわしいということは認識されているみたいですね。
それから、"use the ignore file instead"というポリシーだそうですので、XSSチェック以外のタイプの警告は、1つずつ無視の設定をして欲しいというのがBrakemanの開発側の考えのようですね。