なるほど、Pythonのパッケージングに関して、公式情報に相当する情報があるのですね。勉強になります。

それから、言及されているチュートリアルとサンプルプロジェクトのどちらも設定を書くのがsetup.pyではなくpyproject.tomlなのですね。 自分でも少し調べてみたのですが、python.orgにあるガイドには、「（パッケージングの設定には）pyproject.tomlファイルを使うのが標準的な慣習です。」と書いてあり、Zennの記事でも「現在でも歴史的経緯から setup.py のみで設定を行っているプロジェクトは多く存在しますが、このような構成は現在では非推奨」、「setup.pyを設定ファイルの一部として用いる場合であってもpyproject.tomlは配置するのが現在の標準的なセットアップ方法」と書いてある記事を見つけました。

どうやら、Pythonパッケージにはpyproject.tomlを用意すべし、pyproject.tomlを起点にしてPythonパッケージをビルドすべし、というのが公式見解のようですね。コマンドラインからsetup.pyを直接実行するやり方はlegacy、つまり、廃止予定とのことですし。